ตั้งแต่วันที่ 19 มกราคม 2566 เป็นต้นไป เมื่อมีการเปิดใช้สถานีกลางกรุงเทพอภิวัฒน์ (เดิมรู้จักกันในนามสถานีกลางบางซื่อ) เต็มรูปแบบสำหรับการให้บริการรถไฟทางไกลแล้ว จะมีการปรับเปลี่ยนการเดินรถ โดยมีการเปลี่ยนแปลง ดังนี้

1. สถานีกรุงเทพ เปลี่ยนชื่อเป็น กรุงเทพ (หัวลำโพง) เราจะเรียกกันว่า "หัวลำโพง" เพื่อความเข้าใจไปในทางเดียวกัน

2. สถานีกลางบางซื่อ เปลี่ยนชื่อเป็น กรุงเทพอภิวัฒน์ (ใครจะเรียกอะไรก็ได้ แต่อย่าเรียกชุมทางบางซื่อ เพราะชุมทางบางซื่อมันยังอยู่)

3. สถานีชุมทางบางซื่อ ยังอยู่ เราจะเรียกว่า "บางซื่อ" เพื่อไม่ให้ทับไลน์กับกรุงเทพอภิวัฒน์ เพราะสองสถานีนี้จะใช้คนละภารกิจกันเลย เพื่อกันการสับสน
โดยสถานีชุมทางบางซื่อ จะใช้ขึ้น-ลง สำหรับรถไฟขบวนที่เข้า/ออกหัวลำโพง เท่านั้น

4. สถานีและป้ายหยุดรถบนภาคพื้น ตั้งแต่ กม.11 บางเขน ทุ่งสองห้อง หลักสี่ กม.19 ดอนเมือง ยกเลิกทั้งหมด แล้วใช้สถานีบนทางสายสีแดงแทน

5. รถไฟ รฟท. (รถไฟปู๊นๆ) จะจอดแค่ สถานีกลาง / ดอนเมือง / รังสิต เท่านั้น
6. สถานีดอนเมือง เปลี่ยนไปใช้สถานีเดียวกับสายสีแดง ตรงตลาดใหม่ดอนเมือง ฉะนั้นสถานีตรง Amari Airport / วัดดอนเมือง ตั้งแตวันที่ 19 บ่ายโมงเป็นต้นไป ไม่ต้องไปใช้แล้วจ้าาาาา

สำหรับสายตะวันออกเฉียงเหนือ มีจำนวน 18 ขบวน ดังนี้
ขบวน 21/22
กลางกรุงเทพอภิวัฒน์ - อุบลราชธานี
ขบวน 23/24
กลางกรุงเทพอภิวัฒน์ - อุบลราชธานี
ขบวน 25/26
กลางกรุงเทพอภิวัฒน์ - หนองคาย
ขบวน 71/72
กลางกรุงเทพอภิวัฒน์ - อุบลราชธานี
ขบวน 75/76
กลางกรุงเทพอภิวัฒน์ - หนองคาย
ขบวน 133/134
กลางกรุงเทพอภิวัฒน์ - หนองคาย
ขบวน 135/136
กลางกรุงเทพอภิวัฒน์ - อุบลราชธานี
ขบวน 139/140
กลางกรุงเทพอภิวัฒน์ อุบลราชธานี
ขบวน 141/142
กลางกรุงเทพอภิวัฒน์ - อุบลราชธานี

วิธีการเดินรถ

1. รถไฟที่เข้า-ออก สถานีกลางกรุงเทพอภิวัฒน์ (เส้นสีเหลือง)
จะมีรถสายเหนือ / อีสาน / ใต้ ประเภท
- รถด่วนพิเศษ
- รถด่วน
- รถเร็ว
พวกตู้นอน สปรินเตอร์ รถที่จองที่นั่งได้ ออกที่นี่ทั้งหมด

รถจะออกจากชานชาลาที่ 1 และ 2 (ขากลับจะเข้ามาจอดที่ชานชาลา 5 และ 6)
วิ่งบนทางยกระดับไปตลอดทาง เดิมเห็นรถไฟวิ่งขนานกับวิภาวดี ของใหม่จะเห็นรถไฟวิ่งคู่กับรถบนโทลเวย์

เมื่อออกจากกรุงเทพอภิวัฒน์ จะไปจอดอีกทีเลยคือดอนเมือง และรังสิต (ฉะนั้น บางเขน หลักสี่ จะไม่จอดแล้ว)
สำหรับการช่วยเหลือ/ชดเชย ของผู้ที่จะเดินทางต่อไปลงสถานีระหว่างทางที่เหลือแค่สายสีแดงจอด เมื่อได้ข้อมูลแล้วจะเอามาบอกให้ฟังทีหลัง เมื่อได้ข้อมูลที่ยืนยันชัดเจนแล้ว

2. ขบวนรถที่ เข้า-ออก สถานีหัวลำโพง (เส้นสีน้ำเงิน)

จะมีรถสายเหนือ / อีสาน / ใต้ ประเภท ดังนี้
- รถธรรมดา
- รถชานเมือง
- รถนำเที่ยว
(จำง่ายๆ รถไฟหวานเย็นราคาถูกจนต้องเหลียวหลังมาดูว่าราคานี้จริงหรอวะ รถไฟชั้นสามแบบไม่ต้องจองที่ และรถไฟนำเที่ยว นั่นแหละจะออกจากที่หัวลำโพง)

จากหัวลำโพง ยมราช รามาธิบดี สามเสน และบางซื่อ ยังวิ่งเหมือนเดิมทุกประการ

จนกระทั่ง ออกจากสถานีบางซื่อ (ชุมทางบางซื่อ สถานีเดิมที่อยู่บนพื้นดินและมีก๋วยจั๊บขาย) รถจะวิ่งไปตามทางเดิมจนถึง กม.11 (สถานีจตุจักรของสายสีแดง) รถจะเลี้ยวซ้ายเพื่อขึ้นทางลาดบริเวณบ้านกลางเมือง แล้วค่อยๆ ไต่ๆๆๆๆๆ ขึ้นไปจนไปเจอกับทางรถไฟที่ออกมาจากสถานีกลางกรุงเทพฯ

จากนั้นก็จะวิ่งฉิวววววว ตีคู่ไปกับสายสีแดงแล้วไปจอดอีกทีที่ "ดอนเมือง" และ "รังสิต" (ดูจากแมป จะเห็นว่าเส้นสีน้ำเงินและเหลืองจะไม่มีจุดสีขาวระหว่างทางเลย คือวิ่งแบบเป็นรถด่วนเลย

เท่ากับว่าคนที่เคยขึ้นลงที่ นิคมรถไฟ(กม.11) บางเขน ทุ่งสองห้อง หลักสี่ การเคหะ(กม.19) จะไม่มีรถจอดแล้ว ต้องไปลงดอนเมืองแล้วนั่งย้อนมา ส่วนการชดเชยสำหรับผู้ใช้บริการว่าจะต่อรถยังไง ค่าใช้จ่ายเท่าไหร่ ได้ข้อมูลแล้วจะเอามาบอกทีหลัง

และเมื่อทั้งรถไฟจากสถานีกลาง (เส้นเหลือง) และรถไฟจากหัวลำโพง (เส้นน้ำเงิน) ออกจากดอนเมืองแล้ว ก็จะวิ่งลงมาระดับพื้น แล้วมาเจอกับทางรถไฟเดิมที่อยู่บนดิน ซึ่งจะถ่ายโอนไปเป็นทางรถไฟของรถสินค้าโดยเฉพาะ และวิ่งเข้าสถานีรังสิตต่อไปปปป

สำหรับสถานีกลางกรุงเทพอภิวัฒน์ และสถานีชุมทางบางซื่อ สามารถเดินเชื่อมหากันได้ ด้วยอุโมงค์ MRT

ถ้ามาจากสถานีกลางกรุงเทพฯ จะออกไปที่ชุมทางบางซื่อ ให้ลงไปชั้นใต้ดิน แล้วเลี้ยวซ้าย เดินตามทางยาวๆ เหมือนแคทวอล์คไป และไปออก "ทางออกที่ 2"

สำหรับจากสถานีชุมทางบางซื่อจะเข้าไปสถานีกลางกรุงเทพฯ
ให้ลงบันไดเลื่อนตรงป้ายรถเมล์ แล้วเดินไปตามทางยาวๆๆๆ พอเลยตู้ ATM ไป ให้เลี้ยวเข้าช่องด้านขวาที่มีไฟทางสีขาวๆ จะเจอบันไดเลื่อนขึ้นสถานีกลาง โผล่ไปจะไปเจอสถานีกลางเลย