ในวาระที่จะครบพุทธศตวรรษที่ 25 ซึ่งเรียกว่ากึ่งพุทธกาล ในปี พ.ศ.2500 ผู้ก่อการดีชาวเมืองอุบลฯกลุ่มหนึ่ง ได้ริเริ่มที่จะสร้างวัดไว้เป็นอนุสรณ์ในบวรพระพุทธศาสนา จึงได้เลือกสถานที่หลังโรงเรียนสิทธิธรรมศาสตร์ศิลป์ ติดกับสวนสาธารณะหนองบัว ในเขตตำบลขามใหญ่ ในครั้งนั้น สร้างเป็นวัดที่เรียกอย่างในปัจจุบันว่า “วัดพระธาตุหนองบัว”

หอจดหมายเหตุแห่งชาติเฉลิมพระเกียรติฯ อุบลราชธานี จัดงานเสวนารำลึกเหตุการณ์การก่อสร้างวัดพระธาตุหนองบัวเมื่อ 62 ปีที่ผ่านมา เมื่อวันศุกร์ที่ 6 กันยายน 2562 ณ ห้องประชุมหอจดหมายเหตุแห่งชาติเฉลิมพระเกียรติฯ อุบลฯ นำเสวนาโดยคุณภานุ ยุวมิตร ทายาทผู้ริเริ่มก่อสร้าง

สำหรับมูลเหตุการสร้างวัดพระธาตุหนองบัวนั้น เริ่มต้นจากกลุ่มพุทธศาสนิกชนผู้ยึดมั่นในการปฏิบัติธรรมกลุ่มหนึ่ง มีความปรารถนาอย่างแรงกล้า ในการสร้างวัดให้เป็นสถานที่ปฏิบัติธรรม และเป็นที่ระลึกเนื่องในวาระมงคลกึ่งพุทธกาล พุทธศตวรรษ 2500

แผนการก่อสร้างวัด เริ่มแรกในที่ดินของนายฟอง สิทธิธรรม ซึ่งในขณะนั้นถูกคุมขังอยู่ในเรือนจำกลาง จังหวัดอุบลราชธานี ด้วยข้อกล่าวหาว่าเป็นกบฏภายในราชอาณาจักร ผู้ทำหน้าที่ติดต่อขอที่ดินสร้างวัดประกอบด้วย นายทองพูน ยุวมิตร (พ่อค้า ฐานะดี) หัวหน้า คณะหมู่ นายอุ่น ไวยหงษ์ รองหัวหน้าคณะ และอีกหลายคน ทุกคนได้พากันออก เดินทางไปหานายฟอง ที่เรือนจำกลางจังหวัดอุบลราชธานี โดย นายทอง พูลยุวมิตร ได้เล่าเรื่อง ตามที่คณะศรัทธาให้นายฟอง สิทธิธรรม ฟังโดยละเอียดและขอทราบว่าที่ดินแปลงนี้จะถวายหรือจะขายให้ทางคณะศรัทธาก็พอใจ ขอแต่ให้ได้ตามประสงค์

เมื่อนายฟอง สิทธิธรรม ได้ฟังจนทราบเรื่องโดยละเอียดแล้ว ก็มีความยินดีเป็นอย่างยิ่ง เพราะตนมีความปรารถนาอยู่แล้วว่าอยากถวายที่ดินแปลงนี้ให้สร้างวัด ตนแม้จะถูกกักขังอยู่ในเรือนจำ ก็ไหว้พระสวดมนต์เป็นประจำ และได้ตั้งสัจจะอธิษฐาน ขอให้มีสัตบุรุษมาขอที่ดินแปลงนี้สร้างวัด ดังนั้น เมื่อสมดังความประสงค์ที่ตั้งใจปรารถนา ก็ปิติยินดีเป็นล้นพ้นแทบจะพูดไม่ออก ตื้นตันใจไปหมด เมื่อทราบความประสงค์แล้วได้ทราบรายชื่อของคณะกรรมการที่สร้างวัด จึงกำหนดมอบถวายที่ดินแปลงนี้ ในวันที่ 24 ตุลาคม 2498 โดยได้รับการบริจาคที่ดินจาก นายฟอง นางจันทร์มี สิทธิธรรม เพื่อให้ทำการสร้างวัด มีเนื้อที่ประมาณ 30 ไร่ 

วันที่ 26 ตุลาคม 2498 ตรงกับวันพุธ ขึ้น 11 ค่ำ เดือน 12 ปีมะแม เป็นวันขุดโค่น ถากถาง เป็นปฐมฤกษ์ จึงได้ตกลงบอกหมู่ คณะได้เตรียมมีด- จอบ- เสียม พร้อมด้วยดอกไม้ธูปเทียนเพื่อ เคารพต่อเทพเจ้าก่อนลงมือ มีประมาณ 20 คน สำหรับการลงมือที่แรกนี้อาจารย์จันทร์ประไพ ได้ ล่วงหน้าไปนอนค้างคืน ก่อนอยู่หนึ่งคืน เพื่อนั่งสมาธิวิปัสสนา และแจ้งแก่เทวดาอารักษ์ ตามเรื่องที่จะทำต่อไปแล้วก็นอน ได้ปรากฏนิมิต(ฝัน) ว่า ในอาณาเขตที่จะสร้างวัด มีผู้คนจำนวนมากอาศัยอยู่ได้พากัน อพยพโยกย้าย อุ้มลูกจูงหลานพร้อมทั้งขนข้าวของ และสัตว์เลี้ยงของตนออกเดินทางไปทางทิศตะวันออกเฉียงเหนือของที่นี้ เพื่อย้ายไปอยู่ที่อื่น ต่างก็โจษขานกันว่าที่แห่งนี้ อุบาสกอุบาสิกาเขาจะสร้างวัดพุทธศาสนา พวกเราจงพากันหนีไปอยู่ที่อื่นเพื่ออนุโมทนาสาธุการ และปรากฏว่าเขาไปอยู่ทางดงก้านเหลือง ซึ่งขณะนี้ทางราชการได้สร้างเป็นสวน “วนารมย์” ครั้นรุ่งขึ้นจึงได้เล่านิมิตรให้พรรคพวกฟัง แล้วทุกคนต่างก็มีความยินดีต่อนิมิตรนี้

อนึ่ง วัดพระธาตุหนองบัว นั้น เดิมจดทะเบียนจัดตั้งในชื่อ "วัดหนองบัว" ต่อมาชาวชุมชน คุ้มวัดหนองบัวแสดงประชามติขอเปลี่ยนชื่อวัดเป็น "วัดพระธาตุหนองบัว" และได้รับความเห็นชอบจากมหาเถรสมาคม ให้เปลี่ยนแปลงชื่อวัดหนองบัวเป็น "วัดพระธาตุหนองบัว" ตั้งแต่วันที่ 16 มกราคม 2560 เป็นต้นไป

มติเอกฉันท์!! สภาเทศบาลนครอุบลฯ เห็นชอบเปลี่ยนชื่อเป็น วัดพระธาตุหนองบัว

มหาเถรสมาคมเห็นชอบ เปลี่ยนชื่อวัดหนองบัวเป็น "วัดพระธาตุหนองบัว"